Peut-on corriger juste cette seule lettre ?
COMPUTATIONNEL Au lieu de remplacer le gène STRC entier (5325 pb), et si on ne corrigeait que la seule base mutée ? Il existe trois types d'outils d'édition génique. J'ai vérifié chacun contre le variant spécifique de Michael.
La mutation de Michael : une seule mauvaise lettre
Sain : ...AATTTACAGTG...
Michael : ...AATTTCCAGTG...
On doit changer C en A. C'est une transversion C>A.
CBE (Éditeur de base Cytosine)
Ce qu'il fait :
C → T seulement
On a besoin de C→A. CBE ne peut faire que C→T.
Ne peut pas corriger ce variant
ABE (Éditeur de base Adénine)
Ce qu'il fait :
A → G seulement
Direction totalement opposée. Sans rapport ici.
Ne peut pas corriger ce variant
Prime Editor
Ce qu'il fait :
any → any (toutes les 12 substitutions)
C→A inclus. Nécessite un site PAM à proximité.
PEUT corriger ce variant
Site PAM trouvé : à 4 pb du variant
L'édition prime nécessite un « pad d'atterrissage » (site PAM, séquence NGG) près de la cible. J'ai téléchargé la séquence génomique depuis l'API REST Ensembl et recherché des motifs NGG dans un rayon de 15 pb du variant.
chr15:43600521-43600581 (GRCh38)
CCCAGCTCCCCACCTGCTATGGTGCCCCAATTT[C]AGTGAAGATCTCAGG
..........................PAM↑....↑variant
..........................4bp apart
Comment j'ai trouvé : L'API Ensembl retourne la séquence génomique. J'ai cherché « CC » (complément inverse du PAM NGG) dans un rayon de 15 pb de la position 43600551. Trouvé à 4 pb de distance. C'est dans la fenêtre d'édition optimale du prime editing (0-13 pb).
Réalité : L'édition prime n'a pas été testée dans les cellules ciliées de l'oreille interne in vivo. La livraison du prime editor + ARN guide aux cellules ciliées externes profondes dans la cochlée est un défi non résolu. Mais cette analyse confirme que le variant spécifique de Michael est techniquement ciblable. Si la livraison est résolue (un domaine de recherche actif), cette mutation peut être corrigée au niveau de l'ADN.