¿Podríamos corregir solo esa letra?
COMPUTACIONAL En lugar de reemplazar el gen STRC completo (5.325 pb), ¿qué pasaría si pudiéramos corregir solo la única base mutada? Hay tres tipos de herramientas de edición génica. Verifiqué cada una contra la variante específica de Michael.
La mutación de Michael: una sola letra incorrecta
Sano: ...AATTTACAGTG...
Michael: ...AATTTCCAGTG...
Necesitamos cambiar C de vuelta a A. Esto se llama una transversión C>A.
CBE (Editor de Base Citosina)
Qué hace:
C → T solo
Necesitamos C→A. CBE solo puede hacer C→T.
No puede corregir esta variante
ABE (Editor de Base Adenina)
Qué hace:
A → G solo
Dirección completamente incorrecta. Irrelevante aquí.
No puede corregir esta variante
Prime Editor
Qué hace:
any → any (las 12 sustituciones)
C→A incluido. Necesita un sitio PAM cercano.
SÍ puede corregir esta variante
Sitio PAM encontrado: 4 pb de la variante
La edición prime requiere un «pad de aterrizaje» (sitio PAM, secuencia NGG) cerca del objetivo. Descargué la secuencia genómica desde Ensembl REST API y busqué motivos NGG dentro de 15 pb de la variante.
chr15:43600521-43600581 (GRCh38)
CCCAGCTCCCCACCTGCTATGGTGCCCCAATTT[C]AGTGAAGATCTCAGG
..........................PAM↑....↑variant
..........................4bp apart
Cómo lo encontré: La API Ensembl devuelve la secuencia genómica. Busqué «CC» (complemento inverso del PAM NGG) dentro de 15 pb de la posición 43600551. Encontré uno a 4 pb de distancia. Esto está dentro de la ventana óptima de edición prime (0-13 pb).
Verificación de realidad: La edición prime no ha sido probada en células ciliadas del oído interno in vivo. Entregar el prime editor + ARN guía a las células ciliadas externas en lo profundo de la cóclea es un desafío no resuelto. Pero este análisis confirma que la variante específica de Michael es técnicamente targetable. Si se resuelve la entrega (un área activa de investigación), esta mutación puede corregirse a nivel de ADN.